De acuerdo con La Jurisdicción Especial de Paz, el oficial en retiro, violó el réginen de condicionalidad tras difundir discursos de odio contra las víctimas y los defensores de Derechos Humanos.
La Sala de Reconocimiento de la JEP le imputó a Mejía Gutiérrez crímenes de guerra y lesa humanidad, dentro del Caso 03, que investiga asesinatos y desapariciones forzadas que fueron presentados como bajas en combate por agentes de Estado. Como comandante del Batallón de Artillería No. 2 La Popa (BAPOP), entre el 9 de enero de 2002 y el 9 de julio de 2005, fue hallado máximo responsable por su participación determinante en el asesinato de 75 personas en el norte de Cesar y el sur de La Guajira.
Mejía perdió el beneficio de libertad condicional que tenía con la JEP, según esa Magistratura, tras difundir en jornadas de protesta y contienda electoral, mensajes o discursos con estigmatizaciones, amenazas, expresiones de odio, atribución de conductas delictivas, incitación a la polarización y a la violencia, negación de la democracia y, en últimas, revictimización y lesión de los derechos de las víctimas.
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La Justicia Especial de Paz ordenó a la Policía hacer efectiva la orden de captura con el coronel retirado y a la Dirección de Centros de Reclusión Militar del Ejército (DICER). Además, dispuso un plazo de cinco días para que se determine la Unidad Militar en la que será recluido.
Tras la decisión de la JEP, la defensa del coronel (r) Publio Hernán Mejía, apeló la decisión y, con ello, su orden de captura no se puede ejecutar hasta que la Sección de apelación de la Justicia Especial de Paz revise el tema.
