El Consejo Superior Universitario (CSU), compuesto por nueve miembros, incluyendo a la ministra de Educación, Aurora Vergara, y a la rectora saliente, Dolly Montoya quien tiene voz pero no voto, eligió a Peña como rector, a pesar de que este no obtuvo la votación más alta en la consulta universitaria. La consulta había sido ganada por Leopoldo Múnera ganó dicha consulta con el 34,3 % de los votos, mientras que Peña obtuvo solo el 8,3 %.
La designación de Peña en lugar de Múnera ha generado un intenso debate sobre la legitimidad y justicia de esta decisión. Los estudiantes y egresados han señalado que, en casos donde un candidato gana abrumadoramente en una consulta, el CSU tiene la obligación ética de respetar la voluntad de la comunidad universitaria, a menos que existan razones extraordinarias para no hacerlo.
El nuevo rector es antioqueño, nació el 5 de noviembre de 1962, egresado de Ingeniería de Sistemas en 1990 de la Universidad Nacional, es especializado en Filosofía de la Ciencia y Pedagogía para el Desarrollo del Aprendizaje Autónomo. Además tiene maestrías en Economía y Gestión en la Universidad de Grenoble, Francia) y en Gestión y Tecnología de Sistemas de Información de la Universidad de Ginebra, Suiza).
José Ismael Peña, es doctor en Ciencias de Gestión de la Universidad de Grenoble Alpes y se ha desempeñando como vicerrector de la sede Bogotá
También ha trabajado en la Alcaldía Mayor de Bogotá (1997-1999), en el Consejo Superior de la Judicatura (1995-1997) y en la Superintendencia de Notariado y Registro (1989-1991).
La controversia se intensificó aún más cuando se reveló que Peña ni siquiera ocupaba el segundo lugar en la consulta, ya que el candidato Raúl Esteban Sastre obtuvo más votos que él. Esto llevó a críticas generalizadas hacia el CSU por no respetar los resultados de la consulta y tomar una decisión que fue percibida como antidemocrática.
Las reacciones no se hicieron esperar, con líderes estudiantiles, representantes políticos y miembros de la comunidad universitaria expresando su descontento y exigiendo explicaciones sobre lo sucedido. La falta de claridad en torno a cómo se tomó la decisión y el incumplimiento de las promesas de respaldar al ganador de la consulta han aumentado la indignación y la frustración entre los afectados.